因此，研究人员认为移植的干细胞的旁分泌效应是促进心脏修复和再生的重要因素。有报道，成体干细胞能分泌一系列可溶性因子作用在心肌细胞内，从而促进心肌细胞在缺血状态下的存活和旁分泌因子也会作用于非心肌细胞上，促进心脏的血管新生及提高，以及激活固有CPCs，以及下调成纤维细胞的细胞外基质的表达。并且注射干细胞的条件培养基（conditioned medium）能够改善急性心梗的预后。另外，近年发现外泌体（exosomes）是倡导细胞旁分泌效应的重要载体之一。Exosomes是一类圆形、直径约为30－100nm的囊泡。过去曾报道exosomes能通过转运蛋白、mRNA、miRNA参与到肿瘤转移、发育、血管保护等多种过程当中。我们上述的热休克研究发现，热休克的干细胞能分泌富集了转录因子HSF1的exosomes并被心肌细胞吸收，使心肌细胞miR-34a启动子区发生染色质重构、转录下调，从而使心肌细胞的凋亡显著减少。另外，我们从缺氧预适应的骨髓间充质干细胞的条件培养基中提取exosomes并注射到小鼠的心梗区域，发现这一办法能显著减少心梗后的纤维化。因此将exosomes直接输送到心脏中可能避免细胞疗法的输送障碍并因此加速临床转化过程。另外，exosomes的研究还需要整合蛋白组学和转录组学的工具来鉴定重要的旁分泌因子，以便进一步扩大和优化获益。

        按目前的注射量来看，成体干细胞疗法至少是安全的，但效果并不十分理想，并且各个研究之间差异甚大。合适的细胞类型、输送途径、细胞量、治疗频率等仍是未来需要明确的问题。总的来说，CPCs潜在的再生能力让人兴奋。对于PSCs来说，未来的挑战主要来自于进一步提高心肌细胞的生成量和成熟度，使其更好地与心肌细胞整合及降低畸胎瘤的发生率。iPSCs无疑提供了一个无伦理冲突和免疫源性的新选择，但输送和分化调控仍是需要优化的问题。现在，每年数以千计的患者接受成体干细胞/祖细胞的治疗。