吴英恺这样评价自己亲手创建的北京安贞医院，他说：“这是我国20世纪80年代改革开放方针指引下的一个新尝试，是我国改革开放政策在医学领域中的一个新成就，对我个人来说也是70岁以后一个新贡献。”“北京市心肺血管中心为市属独立科研机构，北京安贞医院是以治疗心血管疾病为重点的市立综合医院，两者各有编制、预算和任务。两块牌子，在一个党委和一套行政领导班子的领导下开展工作，这是一个具有改革意味新的组织形式。”

经过思考和探索，吴英恺进行了当时颇为先进的顶层设计，即“五结合”的任务和“三部一中心”的组织。他在回忆录中也对这个过程进行了详细记录。

五结合体制的形成是有一个过程的，一般市属大医院都是“医、教、研”三结合，在各科临床科室之外，我们还有一个较为强大的流行病学和人群防治部分，包括2个研究室和1个人群保健科，统称为社会医学部。临床医学方面建立了20多个医疗诊断室，统称为临床医学部。招收了研究生和进修生，1987年以后正式成为首都医学院的教学医院。成立了动脉硬化实验研究室、临床药理研究室、临床生化研究室、血液流变学实验室、放射免疫实验室、细胞培养室和实验外科7个实验研究科室，统称为实验医学部。为了开展国际学术交流，1985年建立了国际交流中心，在心肺中心主任的直接领导下，接待各国来访专家学者，还有十几张床住宿及膳食交通条件，组织了多次中型国际专题学术活动，收效显著。这样这个医学中心很快就形成了临床医学、社会医学、实验医学三大部分和一个国际交流中心，简称为“三部一中心”的组织体制。这个体制也得到了当时任市卫生局长的孙衍庆的赞同和贯彻。

在探索的过程中，也并非一帆风顺。中心的临床研究室与医院的相关科室建在一起（如冠心病研究室与心内科、先心病研究室与小儿心脏科），看起来这是理所当然的事，但从认识上、组织上和具体工作上真正实现一体化却不那么简单。北京市心肺血管中心和北京安贞医院的组织列表，在三年内就曾反复调动修改不下五次，到1986年底才最终定案。在北京安贞医院和心肺血管中心之下设三大部：临床医学部，包括29个临床科室和7个临床研究室；社会医学部，包括流行预防研究室、人群防治研究室和人群保健科；实验医学部，包括动脉硬化实验研究室、临床生化研究室、血液流变实验室、临床药理研究室、放射免疫实验室、细胞培养室和实验外科等实验科研单位。行政、后勤、总务统一管理。这个体系有一定的先进性和创新性，但终因习惯难改，未能落实。还是临床为医院，研究室为中心。到1987年底，全院共有职工1077人，除从北京朝阳医院转来原属北京市心肺血管中心的干部和原结核病院留下来的人员外，三年内陆续从四面八方调入的人员约有400名。如何协调、建设这30多个医疗研究科室，如何团结、安排这上千人的工作、培养和生活，就成为医院党委和担任行政领导职务这一班人的繁重任务了。