1980年，吴英恺不再担任中国医学科学院阜外医院院长和中国医学科学院心血管病研究所所长职务。

据中国医学科学院原副院长董炳琨教授回忆，经他强烈要求，领导同意他到原中国首都医科大学（现中国医学科学院北京协和医学院），选带几名技术骨干组成胸部及心血管外科教研室。其实当时中国首都医科大学学生还在北京大学，1982年才进入本科，当时只是“闲差”，他却想以此为契机再干一场，因此急于寻找新的基地。

吴英恺在回忆录中也对这段经历有过详细描写：

“1981年3月北京市卫生局领导到我家，邀我到朝阳医院与翁心植教授合作，开展心肺疾病医疗科研工作，我立即同意。因为一则我已饱尝待业之苦，二则我已71岁，时间不多了，不能久等，三则朝阳区有100多万人口，朝阳医院有600多张病床，应该是大有可为的。

“经与翁心植同志研究，在他原来的呼吸疾病研究室的基础上，加上我们‘胸部及心血管外科教研室’的力量，组建一个‘北京市心肺血管疾病研究中心’，我任主任，翁心植任副主任。当时心胸外科、麻醉科、小儿心内科的同志们已先后出国考察进修，我与吴兆苏、姚崇华等同志从心血管病人群监测及人群防治工作开始。1982年秋冬，李平、林训生、陈宝田和宋瑞蓂等同志先后回京，开展心胸外科，1982年12月27日，我们做了第一例体外循环手术。”

经过多方努力，1981年3月，在时任北京市卫生局王康久局长的支持下，与北京朝阳医院签订协议，教研室设在该院，并与翁心植教授领导的呼吸疾病研究室联合组成北京市心肺血管医疗研究中心。

1981年8月27日，北京市卫生局下发北京朝阳医院关于建立“北京市心肺血管医疗研究中心”的批复（京卫办字第420号）：“经市领导批准，同意你院与吴英恺教授合作，在你院成立‘北京市心肺血管医疗研究中心’，任务是：开展心肺血管疾病的医疗、科研、预防、教学工作，重点开展心血管病流行病学、心内科常见心血管病及呼吸四病的研究，心外科换瓣手术及冠状动脉搭桥研究，同意先结班子，逐步完善必要的人员和设备，不断完善，要搞好与各方面的协作分工，尽快培养人才，力争多出成果，更好地为广大患者服务，为‘四化’建设服务。”

1983年，由于市区发展、亚运会即将召开等原因，北京结核病院要迁往西郊温泉结核病院，经北京市人民政府批准，北京结核病院原址将组建一家全新的综合性医院。

北京市人民政府办公厅1983年6月1日下发公文批复通知（1983）厅秘字第35号：“一九八三年五月九日（83）京卫办字第242号关于将心肺血管医疗研究中心迁入市结核病院的请示，已悉。白介夫、韩伯平、张百发副市长批示：同意。”